…人らが立ち会う中、取り調べが行われた。その悪事は明白であり、幕府は織部に領地没収のうえ、切腹という処罰を下した。 また藩主の重益も評定所に呼び出された。藩政を乱れさせたこと、又八ら忠臣を死に至らしめたこと、多くの脱藩者が出たことなどを罪に問われ、重益は改易となる。また養子となった主計にも、大名家預かりの処分が下った。そのほか、織部に加担した者たちにもそれぞれ処罰が下され、ようやく越丸騒動はおさまった。 その後、丸岡藩には新しい藩主として、越後糸魚川から有馬清純が入封している。